Dada la misión y el horizonte multidisciplinar del IIDEPyS-GSJ, las actividades científicas han sido agrupadas en núcleos de investigación.
Un núcleo de investigación se dedica a la investigación en un área específica del conocimiento. Cada núcleo está conformado por investigadores e investigadoras, personal de apoyo técnico, becas doctorales y posdoctorales, docentes y en ocasiones estudiantes que trabajan de manera colaborativa en proyectos de investigación con objetivos comunes. Estos núcleos están integrados por diferentes unidades de investigación reconocidas por el CONICET y por la UNPSJB.
Los núcleos de investigación que conforman el IIDEPYS son:
Núcleo de investigación en ambiente marino, biodiversidad y recursos costeros
Núcleo de investigación en ciencias de la Tierra
Núcleo de investigación en estudios sociales y políticos
Núcleo de investigación integridad de materiales, el medio y su interacción
Núcleo de investigación en procesamiento de la información y sensores